Kimyasal olarak dayanıklı bir malzeme olduğu için su yalıtımı amacıyla kullanılabilir. Epoksi, yüzeylere uygulandığında sızdırmaz bir kaplama oluşturabilir ve suyun nüfuz etmesini engelleyebilir. Ancak, bu uygulama işlemi dikkatli bir şekilde yapılmalı ve yüzeyin hazırlığı önemlidir. Su yalıtımı için özel olarak tasarlanmış epoksi kaplamalar mevcuttur ve bu kaplamalar genellikle zeminler, havuzlar, banyo duvarları gibi alanlarda su geçirmezlik sağlamak için kullanılır. Epoksi’nin su yalıtımı sağlaması için doğru şekilde uygulanması ve bakımı yapılması önemlidir.